琼斯被誉为美国最伟大的当代艺术家之一。其最著名的作品是旗帜（1954年-1955年），此作品是由他梦见的美国国旗所启发而作的。

琼斯的作品常被划分为新达达主义，而并非波普艺术，虽然其创作材料经常包括流行文化的图像和物件。尽管如此，许多关于波普艺术的介绍都会包括琼斯的作品，因为其所运用的再次赋予一张已知图像或事物新意义的创作手法。

琼斯的早期作品由简单的物件所启发，油画直接描绘如美国国旗、地图、靶子、字母和数字等。琼斯的作品最为人所道的是其对油画表面精致的处理，在某些作品中，他会运用一种非常古老的制作颜料的手法Encaustic（这种方法最主要的特征是液态腊的运用）以及其他包括灰泥和石膏在内的媒介处理。琼斯的艺术理念赋予其作品各种先锋意义，和在他艺术理念中拥有重要位置的达达艺术家杜尚的作品相似。琼斯也一定规模的出产版画，艺术概念与其油画相似。

琼斯的版画和油画有着很紧密地联系。在琼斯完成一幅油画以后，经常会出产同样的版画。但和常人不同的是，绝大部分艺术家会在绘一幅大型油画之前作草图研究，用以决定明暗，颜色以及局部和构图，琼斯很少在画一幅油画以前做详尽的研究，相反，在一幅油画完成以后，他会尝试对图像作不同的处理。这些草图有时候会变成不同的版画，这就是琼斯很多版画虽然有同一图像但是很多时候不同的版本有细微的差异和修改。

琼斯的突破手法是艺术家本人通过艺术创作，对已定义物件的再定义，从而展示一系列除此件事物本身含义以外所带来的熟悉的引申含义。通过抽象表现主义抹去事物原有主旨，换句话说，美国国旗和琼斯所创作的旗帜虽然共享统一图像，但是本质已经完全不同。琼斯将物件重新创作并赋予作品新的中立含义，所以从艺术的角度，同样是美国国旗，琼斯油画令人神往的精细表面作为一个表面而存在，而并非国旗。在旗帜被创作20多年以后，琼斯的油画表面已经和比如说，安迪·沃霍尔的丝网印刷, 或者Robert Irwin的光作品拥有同样的含义。

抽象表现主义艺术家们如杰克森·波洛克和威廉·德库宁达达主义像琼斯或者罗申伯格减少了他们作品的索引性，尝试仅仅通过传统符号传递或者表达意义。一些批评家认为这是对抽象表现主义中被突出的个人主义的一种拒绝。新达达主义的作品存在的同时并不需要一件事物被赋予的传统意义，如上所述，琼斯的旗帜，是一件视觉冲击，与国旗所传递的意义完全不同，旗帜作为一件艺术品，借用国旗的图像以油画的形式而存在。

1998年，纽约大都会艺术博物馆购得琼斯的白色旗帜。大都会艺术博物馆并无透露其收购价格，“专家们估计此画收购价格高于两千万美金”2006年, 私人收藏家著名对冲基金管理人 Anne and Kenneth Griffin 以八千万美金购得了琼斯的False Start，使其成为世上在世画家最昂贵的油画。

2007年，美国国家艺廊购入了约1700张琼斯的印刷作品，这使得美国国家艺廊成为琼斯世界上最大的作品收藏单位。随后的展览展出了琼斯多年来各个时期的作品，包括最新的印刷作品。

自1980年以来，琼斯每年只创作大约四至五张油画，有些年间一幅都不会流入市场。琼斯的大型油画由于其稀有程度和历史重要性一直是世界各地当代艺术藏家所梦寐以求的作品，也是非常难得到的收藏。